et les voies par lesquelles l'infection se propage peuvent être différentes.La colonisation médiée par des agents pathogènes peut en effet avoir lieu à travers :
- Voie ascendante depuis la vessie (la plus fréquente) : depuis le périnée (ou depuis le vestibule vaginal, dans le cas des patientes), les micro-organismes remontent dans l'urètre, puis dans la vessie, jusqu'au rein ; les principales causes des infections chez les femmes consistent en une déformation de l'urètre lors des rapports sexuels, tandis que chez les hommes, elle est souvent secondaire à une prostatite. Chez les patients cathétérisés, une contamination peut survenir suite à la mise en place ou à la manipulation du cathéter, avec pour conséquence une éventuelle remontée d'agents pathogènes dans la vessie .
- Voie descendante du sang : par la circulation sanguine, au cours de la septicémie, les agents pathogènes atteignent le rein provoquant néphrite et abcès rénaux.
- Voie lymphatique descendante : un réseau de vaisseaux lymphatiques relie le côlon ascendant au rein droit et le côlon descendant au rein gauche.
Les micro-organismes impliqués dans la pyélonéphrite sont généralement les mêmes responsables d'infections des voies urinaires, des voies génitales et gastro-intestinales, donc au niveau de la vessie, de la prostate, du col de l'utérus, du vagin, de l'urètre ou du rectum : Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. etc.
Dans la plupart des cas, ces agents pathogènes représentent les bactéries de la flore fécale, qui empruntent la voie ascendante bien qu'en général le péristaltisme (mouvements de contractions et distension des parois des voies urinaires) exerce une "action protectrice efficace contre les infections".
D'autres micro-organismes inhabituels sont parfois signalés : mycobactéries, levures et champignons, ainsi que des agents pathogènes opportunistes tels que Corynebacterium urealyticum.
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